L'Istituto conserva i documenti relativi alla propria storia, ai progetti di ricerca finanziati, ai premi assegnati e ai concorsi promossi in un archivio, la cui consistenza è pari a 147 metri lineari per un totale di oltre 1100 tra buste e registri.
Oltre all'archivio storico, l'Istituto Veneto conserva fondi di personalità importanti per la storia d'Italia, come ad esempio Luigi Luzzatti, Pietro Saccardo, Massimiliano Aloisi, Giusto Bellavitis, Augusto Ghetti.

Per la informatizzazione degli inventari e la loro pubblicazione in internet l'Istituto Veneto partecipa al progetto Archivi del Novecento - la memoria in rete, promosso dal Consorzio BAICR.