L'Istituto dispone a Venezia di due sedi contigue, nel cuore della città, in campo Santo Stefano: palazzo Loredan (sede della vita accademica fin dal 1891) e palazzo Franchetti (acquistato nel 1999 e dedicato alla promozione di attività culturali). Oltre a queste sedi l'Istituto dispone di altre tre sedi operative, due a Venezia (Casa Minich, e il deposito librario alle Zattere) e una a Mestre (sala di consultazione e deposito librario). A Palazzo Franchetti  sono ospitati  uffici dell'Organizzazione Mondiale della Sanità, del Consorzio Ricerche Laguna di Venezia, e della Regione del Veneto, mentre a Casa Minich sono ospitati l'European Center for Living Technology ed il Centro Studi Veneti. L'area complessiva destinata all'attività culturale è di circa 10.000 metri quadri e si articola in spazi utilizzabili per convegni, riunioni e conferenze, sale espositive, un ampio giardino, uffici e depositi. Sia Palazzo Loredan che Palazzo Franchetti  hanno una dotazione impiantistica che permette, in particolare all'interno degli spazi espositivi, una sofisticata climatizzazione degli ambienti.
Le sale attrezzate per convegni (Sala del Portego, Sala del Giardino, Sala Alta e Sala delle Adunanze) possono essere collegate in videoconferenza. I sofisticati impianti tecnologici di cui sono dotati i palazzi, permettono l'organizzazione di eventi ai quali possono prendere parte fino a 75 relatori in contemporanea e con traduzione simultanea. E' possibile inoltre l'eventuale visione dell'evento in contemporanea in ogni singola sala.