L'Istituto conserva i documenti relativi alla propria storia, ai progetti di ricerca finanziati, ai premi assegnati e ai concorsi promossi in un archivio, la cui consistenza è pari a 147 metri lineari per un totale di oltre 1100 tra buste e registri.
Oltre all'archivio storico, l'Istituto Veneto conserva fondi di personalità importanti per la storia d'Italia, come ad esempio Luigi Luzzatti, Pietro Saccardo, Massimiliano Aloisi, Giusto Bellavitis, Augusto Ghetti.